Die Dateiendung .he5 ist primär mit dem Hierarchical Data Format Version 5 (HDF5) verknüpft. HDF5 ist ein universelles, selbstbeschreibendes und maschinenunabhängiges Datenformat, das für die Speicherung und Verwaltung extrem großer und komplexer Datensammlungen entwickelt wurde. Es findet breite Anwendung im wissenschaftlichen Rechnen, im Ingenieurwesen und in datenintensiven Forschungsbereichen wie der Atmosphärenwissenschaft, der Fernerkundung und der Materialwissenschaft. HDF5-Dateien sind wie ein Dateisystem strukturiert und enthalten 'Gruppen' (ähnlich wie Verzeichnisse) und 'Datensätze' (ähnlich wie Dateien). Datensätze können mehrdimensionale Daten-Arrays speichern, und das Format unterstützt umfangreiche Metadaten, wodurch Benutzer beschreibende Informationen direkt in die Datei einbetten können. Diese selbstbeschreibende Eigenschaft macht HDF5-Dateien hochgradig portabel und stellt sicher, dass der Kontext der Daten über lange Zeiträume erhalten bleibt, selbst wenn die ursprüngliche Software zur Erstellung nicht mehr verfügbar ist. Viele wissenschaftliche Instrumente und Simulationscodes geben Daten aufgrund der Skalierbarkeit und Flexibilität bei der Handhabung heterogener Datentypen direkt im HDF5-Format aus.