HE5ファイル拡張子は、主にHierarchical Data Format version 5（HDF5）に関連付けられています。HDF5は、非常に大規模で複雑なデータコレクションを保存および管理するために設計された、汎用的かつ自己記述的で、マシンに依存しないデータ形式です。科学計算、工学、および大気科学、リモートセンシング、材料科学といったデータ集約型の研究分野で広く利用されています。HDF5ファイルはファイルシステムのような構造をしており、ディレクトリに似た「グループ」と、ファイルに似た「データセット」を含んでいます。データセットは多次元配列のデータを格納でき、この形式は豊富なメタデータをサポートしているため、ユーザーは記述的な情報をファイル内に直接埋め込むことができます。この自己記述的な性質により、HDF5ファイルは移植性が高く、作成に使用された元のソフトウェアが利用できなくなった場合でも、データのコンテキストが長期間にわたって確実に保持されます。多くの科学機器やシミュレーションコードは、そのスケーラビリティと異種データ型を扱う際の柔軟性から、データを直接HDF5形式で出力しています。