L'estensione di file HE5 è principalmente associata all'Hierarchical Data Format versione 5 (HDF5). HDF5 è un formato dati generico, auto-descrittivo e indipendente dalla macchina, progettato per archiviare e gestire collezioni di dati estremamente grandi e complesse. È ampiamente utilizzato nel calcolo scientifico, nell'ingegneria e nei campi di ricerca ad alta intensità di dati, come le scienze atmosferiche, il telerilevamento e la scienza dei materiali. I file HDF5 sono strutturati come un file system, contenenti 'gruppi' (simili alle directory) e 'dataset' (simili ai file). I dataset possono memorizzare array di dati multidimensionali e il formato supporta metadati ricchi, consentendo agli utenti di incorporare informazioni descrittive direttamente all'interno del file. Questa natura auto-descrittiva rende i file HDF5 altamente portabili e garantisce che il contesto dei dati venga preservato nel tempo, anche quando il software originale utilizzato per crearli non è più disponibile. Molti strumenti scientifici e codici di simulazione esportano i dati direttamente nel formato HDF5 grazie alla sua scalabilità e flessibilità nella gestione di tipi di dati eterogenei.