Das MGZ-Dateiformat ist eine komprimierte Version des MGH-Dateiformats, das vom Martinos Center for Biomedical Imaging am Massachusetts General Hospital entwickelt wurde. Es wird hauptsächlich von der FreeSurfer-Software-Suite zur Analyse und Visualisierung von strukturellen und funktionellen Magnetresonanztomographie (MRT)-Daten verwendet. Eine MGZ-Datei enthält typischerweise ein 3D- oder 4D-Volumen von Gehirnbildgebungsdaten, einschließlich anatomischer Scans, Oberflächen-Overlays oder statistischer Karten. Das Format nutzt GZIP-Kompression, um die Dateigröße der großen volumetrischen Datensätze zu reduzieren, während alle Metadaten und Voxel-Informationen erhalten bleiben. Es unterstützt verschiedene Datentypen, wie Ganzzahlen und Gleitkommazahlen, und beinhaltet einen Header, der Informationen über die Bilddimensionen, die Voxelgröße und die Koordinatentransformationen (RAS-Koordinaten) speichert. Da es ein Standard in der Neuroimaging-Community ist, wird es häufig für den Austausch verarbeiteter Gehirndaten zwischen Forschern verwendet und ist mit mehreren spezialisierten Neuroimaging-Toolboxen und Bibliotheken wie NiBabel in Python kompatibel. Es ist das Standard-Ausgabeformat für viele automatisierte Pipelines zur Gehirnsegmentierung und kortikalen Oberflächenrekonstruktion.