Il formato di file MGZ è una versione compressa del formato di file MGH, sviluppato dal Martinos Center for Biomedical Imaging presso il Massachusetts General Hospital. È utilizzato principalmente dalla suite software FreeSurfer per l'analisi e la visualizzazione di dati di risonanza magnetica (RM) strutturale e funzionale. Un file MGZ tipicamente contiene un volume 3D o 4D di dati di imaging cerebrale, inclusi scansioni anatomiche, sovrapposizioni di superficie (surface overlays) o mappe statistiche. Il formato utilizza la compressione GZIP per ridurre la dimensione del file dei grandi dataset volumetrici, preservando tutti i metadati e le informazioni sui voxel. Supporta vari tipi di dati, come interi e numeri in virgola mobile, e include un'intestazione (header) che memorizza informazioni sulle dimensioni dell'immagine, la dimensione del voxel e le trasformazioni delle coordinate (coordinate RAS). Poiché è uno standard nella comunità della neuroimaging, è spesso utilizzato per la condivisione di dati cerebrali elaborati tra ricercatori ed è compatibile con diverse librerie e toolbox specializzate di neuroimaging come NiBabel in Python. È il formato di output predefinito per molte pipeline automatizzate di segmentazione cerebrale e ricostruzione della superficie corticale.