MGZファイル形式は、マサチューセッツ総合病院（MGH）のMartinos Center for Biomedical Imagingによって開発されたMGHファイル形式の圧縮版です。この形式は、主にFreeSurferソフトウェアスイートにおいて、構造的および機能的磁気共鳴画像法（MRI）データの解析や可視化のために使用されます。MGZファイルには、通常、解剖学的スキャン、表面オーバーレイ、または統計マップを含む脳画像データの3Dまたは4Dボリュームが格納されています。この形式はGZIP圧縮を利用しており、すべてのメタデータとボクセル情報を保持しながら、大容量のボリュームデータセットのファイルサイズを効果的に削減します。整数や浮動小数点数といった多様なデータ型をサポートし、画像の寸法、ボクセルサイズ、および座標変換（RAS座標）に関する情報を格納するヘッダーを含んでいます。神経画像研究のコミュニティにおける標準的なフォーマットとして確立されているため、研究者間での処理済み脳データの共有に広く利用されており、PythonのNiBabelなどの専門的な神経画像ツールボックスやライブラリとも高い互換性を持っています。また、多くの自動脳セグメンテーションや皮質表面再構築パイプラインにおけるデフォルトの出力形式として採用されています。